KPK di bawah Taufiequrachman Ruki (2003-2007)

Pada tanggal 16 Disember 2003, Taufiequrachman Ruki, seorang alumni Akademi Kepolisian (Akpol) 1971, dilantik menjadi Ketua KPK. Di bawah kepemimpinan Taufiequrachman Ruki, KPK hendak memposisikan dirinya sebagai katalisator (pemicu) bagi Aparat dan institusi lain untuk terciptanya jalannya sebuah "good and clean governance" (pemerintahan baik dan bersih) di Republik Indonesia. Sebagai seorang mantan Anggota DPR RI dari tahun 1992 sampai 2001, Taufiequrachman walaupun konsisten mendapat kritik dari berbagai pihak tentang dugaan tebang pilih pemberantasan korupsi.

Taufiequrachman juga menyampaikan bahwa pembudayaan etika dan integritas antikorupsi harus melalui proses yang tidak mudah, sehingga dibutuhkan adanya peran pemimpin sebagai teladan dengan melibatkan institusi keluarga, pemerintah, organisasi masyarakat dan organisasi bisnis.

Pada tahun 2007 Taufiequrachman Ruki digantikan oleh Antasari Azhar sebagai Ketua KPK.

KPK di bawah Antasari Azhar (2007-2009)

Kontroversi Antasari Azhar saat menjabat sebagai Kepala Kejaksaan Negeri Jakarta Selatan (2000-2007) yang gagal mengeksekusi Tommy Soeharto tidak menghalangi pengangkatannya menjadi Ketua KPK setelah berhasil mengungguli calon lainnya yaitu Chandra M. Hamzah dengan memperoleh 41 suara dalam pemungutan suara yang dilangsungkan Komisi III DPR. Kiprahnya sebagai Ketua KPK antara lain menangkap Jaksa Urip Tri Gunawan dan Artalyta Suryani dalam kaitan penyuapan kes BLBI Syamsul Nursalim. Kemudian juga penangkapan Al Amin Nur Nasution dalam kes persetujuan pelepasan kawasan Hutan lindung Tanjung Pantai Air Telang, Sumatra Selatan. Antasari juga berjasa menyeret Deputi Gubernur Bank Indonesia (BI) Aulia Tantowi Pohan yang juga merupakan besan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono ke penjara atas kes korupsi aliran dana BI. Statusnya sebagai suspek dalam kes pembunuhan Nasrudin Zulkarnaen membuat Presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada tanggal 4 Mei 2009 memberhentikan dari jabatannya sebagai ketua KPK.

KPK di bawah Tumpak Hatorangan Panggabean (Pelaksana Tugas) (2009-2010)

Mantan Komisaris PT Pos Indonesia, Tumpak Hatorangan Panggabean terpilih menjadi pelaksana tugas sementara Ketua Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) dan dilantik pada 6 Oktober 2009 oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Serta ditetapkan berdasarkan Perppu nomor 4 tahun 2009 yang diterbitkan pada 21 September 2009. Pengangkatannya dilakukan untuk mengisi kekosongan pimpinan KPK setelah ketua KPK Antasari Azhar dinonaktifkan dan diberhentikan akibat tersangkut kes pembunuhan Nasrudin Zulkarnaen. Di bawah masanya memang KPK berhasil menetapkan bekas Menteri Sosial (Mensos) Bachtiar Chamsyah sebagai suspek dalam kes dugaan korupsi pengadaan mesin jahit dan impor sapi. Selain itu, KPK juga berhasil menetapkan Gubernur Kepulauan Riau (Kepri), Ismet Abdullah sebagai suspek kes dugaan korupsi pengadaan mobil kebakaran. Tapi beberapa kes masih mandek penanganannya, misalnya saja, kes Bank Century, membuat penilaian bahwa lembaga itu mulai melempem. Pada tanggal 15 Mac 2010, ia diberhentikan dengan Keppres No. 33/P/2010 kerana Perppu ditolak oleh DPR.

KPK di bawah Busyro Muqoddas (2010-2011)

M. Busyro Muqoddas, S.H, M.Hum dilantik dan diambil sumpah oleh Presiden RI pada 20 Disember 2010 sebagai ketua KPK menggantikan Antasari Azhar. Sebelumnya, Busyro merupakan ketua merangkap anggota Komisi Yudisial RI periode 2005-2010. Pada saat sebagai ketua sangat sering mengkritik DPR, yang terakhir terkait hedonisme para anggota DPR. Pada pemilihan pimpinan KPK tanggal 2 Disember 2011 ia "turun pangkat" menjadi wakil ketua KPK. Busyro hanya memperoleh 5 suara dibandingan Abraham Samad yang memperoleh 43 suara. Serah terima jabatan dan pelantikan dilaksanakan pada 17 Disember 2011.

KPK di bawah Abraham Samad (2011-2015)

DR. Abraham Samad SH. MH menggantikan Busyro Muqoddas sebagai ketua KPK selanjutnya.[9] Pada tanggal 3 Disember 2011 melalui voting pemilihan Ketua KPK oleh 56 orang dari unsur pimpinan dan anggota Komisi III asal sembilan fraksi DPR, Abraham mengalahkan Bambang Widjojanto dan Adnan Pandu Praja. Abraham memperoleh 43 suara, Busyro Muqoddas 5 suara, Bambang Widjojanto 4 suara, Zulkarnain 4 suara, sedangkan Adnan 1 suara. Ia dan jajaran pimpinan KPK yang baru saja terpilih, resmi dilantik di Istana Negara oleh Presiden SBY pada tanggal 16 Disember 2011. Lima pimpinan KPK periode 2011-2015 adalah Abraham Samad, Bambang Widjojanto, Zulkarnaen, Adnan Pandu Pradja, dan Busyro Muqoddas. Beberapa kes yang mencuat saat Abraham samad memimpin adalah Kasus Korupsi Wisma Atlet, Kasus Korupsi Hambalang, Kasus Gratifikasi Impor Daging Sapi, Kasus Gratifikasi SKK Migas, Kasus Pengaturan Pilkada Kabupaten Lebak. Beberapa orang yang ditangkap/ditahan/dituntut KPK diantaranya adalah: Andi Malarangeng, Muhammad Nazaruddin, Angelina Sondakh, Anas Urbaningrum, Akil Mochtar, Ratu Atut Chosiyah, Ahmad Fathanah, Luthfi Hasan Ishaq, Rudi Rubiandini, Suryadharma Ali, Jero Wacik, Miranda Goeltom, Djoko Susilo, dll.

KPK di bawah Agus Rahardjo (2015-2019)

Berlatar belakang pendidikan teknik sivil di Institut Teknologi Sepuluh Nopember, Agus Rahardjo adalah orang pertama yang terpilih memimpin KPK tanpa pendidikan formal undang-undang dan pengalaman di lembaga penegakan undang-undang. Rahardjo menggantikan Plt. Taufiequrachman Ruki

Pada tanggal 17 Disember 2015, Komisi Hukum DPR RI yang diketuai oleh Azis Syamsuddin, menetapkan Agus Rahardjo sebagai Ketua KPK terpilih periode 2015-2019 setelah sebelumnya melakukan dua kali voting. Rahardjo berhasil mendapatkan 53 suara. Sedangkan calon pimpinan KPK lainnya, Basaria Panjaitan mendapatkan 51 suara, Alexander Marwata 46 suara, Saut Situmorang 37 suara, dan Laode Muhammad Syarif 37 suara.

Kasus per September 2016 didominasi kes suap dan Operasi Tangkap Tangan (OTT). Kasus yang sangat mencuat ke publik yaitu OTT Ketua Dewan Perwakilan Daerah RI Irman Gusman (kes suap impor gula), berbagai penangkapan OTT Panitera, Pengacara, Hakim Tinggi, dan Pejabat Mahkamah Agung termasuk Sekretaris MA Rohadi terkait suap dagang perkara (termasuk salah satunya yaitu pengacara kondang O.C. Kaligis), kes korupsi dana aspirasi dan suap proyek infrastruktur berjamaah yang dilakukan oleh banyak anggota Komisi V DPR (Damayanti Wisnu Putranti, dan sebagian besar anggota lainnya), kes korupsi izin tambang Gubernur Sulawesi Tenggara Nur Alam, kes bansos dan suap oleh Gubernur Sumatra Utara Gatot Pujo Nugroho dan petinggi partai Nasdem Patrice Rio Capella, dan kes suap Raperda Reklamasi DKI Jakarta M Sanusi dari pengembang PT APL, dan berbagai kes yang menjerat suap korporasi lainnya